نخستين دوره از حوزه علميه تبريز به دو قرن چهارم و پنجم قمرى تعلق دارد و پيش از آن به واسطه تسلط خرم دينان بر اين منطقه مذهب شيعه نمودى از خود نشان نداده است و در قرن چهارم حكومتها با سنىگرىهاى خود مانع رشد شيعه در اين منطقه شدهاند.
حمزة بن عبد العزيز معروف به سلار ديلمى از دانشمندان شيعه و فقهاى بزرگ اماميه است كه در اين دوره مىزيسته است.
در دو قرن چهارم و پنجم حوزه تشيع در تبريز رونق گرفته است و دانشمندانى چون سلار ديلمى با حضور خويش اين حوزه را به اوج شكوفايى رساندهاند.
نخستين عامل رشد حوزه تبريز در اين دوره وجود علوى مبارزى چون سيد حمزه از احفاد امام كاظم(ع) است و دومين عامل رشد تشيع دعوت ابوالقاسم جعفر بن على از داعيان اسماعيلى آذربايجان به كيش اسماعيلى است.
دوره دوم از حوزه علميه تبريز به قرنهاى ششم و هفتم هجرى تعلق دارد كه مقارن با ركود حركت علمى استحكومتهاى سنى مذهب و حملات قبايل زرد پوست تاتار موسوم به مغول مانع از رشد كافى و شكوفايى دانش در اين دورهاست.
اين دوره از اواخر قرن هفتم شروع و تا اوايل قرن دهم هجرى ادامه مىيابد آغاز اين دوره از حوزه علميه تبريز كه با اسلامگرايى و شيعىپذيرى سلاطين مغول روبهروست آغاز خوبى براى رشد مكتب تشيع است ليكن با روى كار آمدن تيموريان (771 - 906) و حملات وحشيانه خود موقعيت فرهنگى به دست آمده ديگر بار دستخوش تغييرات اجتماعى مىگردد كه با قيامهاى شيعى پاسخ داده مىشود.
اين دوره كه از آغاز حكومت صفويان و تا پايان دوره قاجار از اوايل قرن دهم تا اواخر قرن سيزدهم ادامه مىيابد دورهاى است كه شيعه از تقيه بيرون آمده و جامعه شيعى نمود پيدا كرده است و با توجه به تفكر انقلابى شيعه اهل سنت نيز به اين انديشه متعالى پيوستهاند در چنين شرايطى نهضت توسط قبايل قزلباش كه پيرو مذهب شيعه دوازده امامى بودند آغاز شد و تشيع به عنوان ايدوئولوژى و محور اصلى شكلگيرى ملتى يكپارچه در سراسر ايران مورد استفاده قرار گرفت.
حوزه علميه تبريز دراين دوره به پرورش خوشنويسان، شاعران، حكما، فقها، و محدثين شيعى پرداخته است. ليكن گرايش در آن روزهاى نخست به فلسفه و حكمتسپس به حديث آن گاه به فقه و اصول فقه است.
مدارسى كه در اين دوره تاسيس گرديد، به قرار زير مىباشند: 1 - مدرسه طالبيه 2 - مدرسه صادقيه 3 - مدرسه صفويه 4 - مدرسه حاج صفر على 5 - مدرسه حاج علىاصغر 6 - مدرسه ميرزا علىاكبر
شيخ آقا بزرگ تهرانى شمار علماى قرن دهم در اين حوزه را هفت نفر گزارش مىدهد كه عبارتند از: 1 - ميرزا اويس تبريزى 2 - حسين كربلايى (مؤلف «الروضات فى مزارات تبريز» ساكن دمشق) 3 - زين العابدين تبريزى 4 - عبد الباقى تبريزى 5 - عبد الوهاب تبريزى 6 - مير قاسم تبريزى 7 - خواجه جلال الدين محمد تبريزى
حال آنكه شمار دانشمندان شيعى در قرن يازدهم قريب به سى نفر است كه فزونى شمار دانشمندان شيعى در قرن يازدهم و قرون پس از آن به سبب رونق حوزه علميه تبريز وجود دانشمندان فرزانه در اين حوزه است.
گستره فقه شيعى در حوزه علميه تبريز به مرحلهاى از رشد رسيد كه توفيق يافت در قرن سيزدهم قمرى مرجع تقليدى را به جهان اسلام عرضه دارد اين شخصيت ممتاز علمى كه در علم و عمل و مراحل تقوى و ورع به قله كمال رسيده بود كسى جز حضرت آيت الله العظمى سيد حسين حسينى كوه كمرى تبريزى نبود. نسب شريف وى با بيست و چهار واسطه به امام حسين(ع) مىرسيد و از فحول شاگردان شيخ اعظم انصارى محسوب مىگشت چنانچه شيخ در موارد احتياط به مراجعه فتاوى او امر مىنمود.
دانشمندان ديگرى از حوزه علميه تبريز در اين قرن از شاگردان شيخ اعظم انصارى بودند كه همزمان با آيت الله سيد حسين حسينى كوه كمرى در نجفت اشرف به درس شيخ حاضر مىشدند برخى از آنان عبارتند از: 1 - شيخ مولى احمد تبريزى(زنده به سال 1271ق.) 2 - حاج شيخ ميرزا باقر مجتهد(متوفى 1285ق.) 3 - ميرزا محمد تقى قاضى تبريزى(متوفى 1276ق.) 4 - شيخ ميرزا حسن آقا تبريزى(متوفى 1338) 5 - حاج ميرزا محمد حسن زنوزى تبريزى(متوفى 1310ق.) 6 - ميرزا حيدر على عليارى(متوفى 1310ق.) 7 - حاج ميرزا على تبريزى(متوفى 1248ق.) 8 - سيد على سيد الحكما حسينى مرعشى(متوفى 1316ق.) 9 - حاج مولى على عليارى(متوفى 1327ق.) 10 - حاج ميرزا موسى تبريزى(متوفى 1307ق.)
لازم به ذكر است كه شمارى از اين فقها خود در مكتب آيت الله كوه كمرى هم حاضر شدهاند.
اين دوره به دو قرن چهارم و پانزدهم هجرى تعلق دارد و از پررونقترين ادوار حوزه علميه تبريز محسوب مىشود چنانچه حضرت آيت الله العظمى سيد محمد حجت كه به سال 1310 ق. در اين شهر تولد يافته بود به بركت عالمان فرزانه اين سامان و عصر شكوفايى حوزه تبريز مراحل اجتهاد را سپرى كرد و به مقام مرجعيت رسيد آيت الله سيد حسين كوه كمرى عموى آيت الله حجت بود لذا حوزه نجف اشرف براى خاندان حجتحوزهاى آشنا بود و ايشان به سال 1330 ق. در بيستسالگى به اين حوزه مهاجرت و به تكميل علوم و معارف پرداختند مهاجرت ايشان يك سال پس از رحلت عموى بزرگوارشان بود.
البته پس از ارتحال آيت الله العظمى سيد حسين حسينى كوه كمرى آيت الله فاضل شرابيانى به مرجعيت رسيد.
برخى از مشاهير علم و فضيلتحوزه علميه تبريز دراين دوره به قرار زير مىباشند: 1 - آيت الله آقا ميرزا رضى تبريزى (متولد 1294ق.) 2 - آيت الله آقا ميرزا ابوالحسن انگجى(متوفى 1357ق.) 3 - آيت الله سيد مهدى انگجى 4 - آيت الله آقا ميرزا عبد الحسين غروى (متولد 1328ق.) 5 - آيت الله آقا سيد احمد خسروشاهى (متولد 1266ق.) 6 - آيت الله ميرزا محمد على قاضى طباطبايى (متولد 1333ق.) 7 - آيت الله سيد ابراهيم دروازهاى(1381 - 1313ق.) 8 - آيت الله سيد مرتضى خسروشاهى (متولد1299) 9 - آيت الله سيد ابوالفضل خسروشاهى(متولد 1320ق.) 10 - آيت الله آقا ميرزا صادق قره داغى (1351 - 1274ق.) 11 - آيت الله سيد حجت ايروانى (متوفى 1354ق.) 12 - آيت الله سيد عبدالمجيد ايروانى (1371 - 1313ق.) 13 - آيت الله حاج شيخ رضا توحيدى (متولد 1332ق.)
در اين دوره از حيات علمى حوزه تبريز اعلام تجزيه آذربايجان از سوى فرقه دمكرات و اسلام زدايى رضاخان مطرح بود كه با ايستادگى آيات عظام تبريز آيت الله سيد مرتضى خسروشاهى آيت الله ميرزا صادق آقاى قرهداغى و آيت الله سيد مهدى انگجى روبهروى شدند و در پى اين مقاومت آيت الله آقا ميرزا صادق و آيت الله انگجى هر دو نخست به سنندج و سپس قم تبعيد شدند.
هر چند پس از مدتى آيت الله انگجى به تبريز بازگشت و آيت الله آقا ميرزا صادق در قم به حال تبعيد از دنيا رفت.