بر اساس آنچه در تاريخ نقل گرديده نخستين دوره از ادوار حوزه علميه اصفهان به زمان سلطنت آل بويه مىرسد زمانى كه ابوجعفر علاء الدوله كاكويه فرمانرواى اصفهان بود «ابن سينا» نزد وى رفت. مدرسه اصفهان يادگار آن دوره است.
مدتى كه ابوعلى سينا در زمان امارت علاء الدوله كاكويه ديلمى در اصفهان در خدمت او بود با وجود مشاغل وزارتى به تدريس هم مىپرداخت. گنبدى موسوم به ابوعلى - علايى - در محله «در دشت» و در نزديكى مدرسه شفيعيه اصفهان موجود است كه گفتهاند مدرس ابوعلى سينا و متعلق به مدرسهاى در آن هنگام بوده است.
«ابو عبد الله معصومى از محققان و حكماى بزرگ اسلام است كه در علوم حكمت و فلسفه استاد مسلم بود تولدش در اصفهان اتفاق افتاد و در آن سامان به تحصيل دانش پرداخت و در علوم طبيعى و اسلامى تبحرى تام يافت.
هنگام توقف شيخ الرئيس ابوعلى سينا در اصفهان ابو عبد الله پيوسته جليس و مصاحب او بود كه به تكميل مقامات فلسفى خود پرداختشيخ پيوسته او را بر ساير شاگردان ترجيح مىداد گويند وقتى ابوريحان بيرونى هيجده مساله نزد شيخ الرئيس فرستاد كه آنها را جواب گويد او به ابو عبد الله محول كرد و اين دليل وسعت فكر و نظر او در مسايل فلسفه است.
اين دوره همزمان با عصر سلجوقيان است در اين عصر از طرف خواجه نظام الملك نهضت احداث مدارس و رقابتهاى مذهبى - سياسى مطرح شد، به اين سبب تاريخ حوزه شيعه چندان مشخص نيست هر چند مؤلف تاريخ مدارس ايران به شش مدرسه در اين عصر اشاره كردهاست ولى شيعى بودن آنها محل ترديد است مىتوان گفت ايران از نيمه دوم قرن پنجم هجرى تا يورش مغول از حمله مغول تا زمان غازان خان از پادشاهان ايلخانى (694 - 703) در آشفتگى سياسى و فرهنگى به سر مىبرد تا اينكه وى قدرت را به دست گرفت و از مذهب بودايى به آيين اسلام گرويد و محمود خوانده شد و از اطاعتخان بزرگ مغول مستقر در چين سرپيچيد غازان خان براى بهبود وضع كشور يك سرى اصلاحات دامنهدار و قوانين و قواعدى را وضع نمود كه نتايج درخشانى به بارآورد.
به پيروى از غازان قريب صد هزار نفر از مغول اسلام آوردند و جانشين وى اولجايتو (703 - 716) به مناسبت تعلقى كه به مذهب شيعه داشت از سوى شيعيان محمد خدابنده لقب يافت.
بدين ترتيب تا انقراض سلسله ايلخان ايران آيين اسلام مذهب رسمى دولت و حكومت ايلخان و بر اساس شرع و آداب اسلامى مبتنى گرديد و اطاعتى كه تا اين تاريخ ايلخانان ايران نسبت به قاآنخانباليغ داشتند از ميان رفت و به تدريج رابطه بين خانباليغ و دربار ايلخانى مقطوع گرديد.
مدارس حوزه علميه اصفهان دراين عصر بدين قرار است: 1 - مدرسه بابا قاسم - مدرسه اماميه 2 - مدرسه جنب مسجد جمعه 3 - مدرسه عصمتيه 4 - مدرسه دردشت 5 - مدرسه شهشهان 6 - مدرسه صدرالدين على - شامل سه مدرسه 7 - مدرسه اوزون حسن 8 - مدرسه باقريه 9 - مدرسه تركها 10 - مدرسه درب كوشك 11 - مدرسه خواجه ملك مستوفى
اين دوره يكى از پررونقترين دورههاى حوزه علميه اصفهان است با دعوت علما و دانشمندان جبل عامل به ايران و ركزيتيافتن اصفهان درعهد صفوى حوزه علميه اصفهان به اوج شكوفايى رسيد. نقطه مقابل دوره دوم - كه نهضت احداث مدارس از سوى خواجه نظام الملك براى ترويج مذهب شافعى به وجود آمده بود - در سومين دوره از حوزه اصفهان نهضت احداث مدارس علميه شيعى روى داد و دهها مدرسه در دورافتادهترين نقاط ايران بنيان نهاده شد. ليكن شيوع خرافات و فساد اخلاق و روىآورى به دنيا و مظاهر مادى، بىتوجهى به علوم و ادبيات عوامل انحطاط صفويه را فراهم ساخت.
جبل عامل كه از ديرباز دانشگاه شيعه اماميه و مركز پرورش دانشمندان و فرزانگان در علوم مختلف اسلامى چون حديث و فقه، اصول فقه، تفسير و كلام و اخلاق بود، با گرايش شاه اسماعيل به تشيع و دعوت فقهاى شيعه از آن سامان زمينهساز رونق تفكر شيعى گرديد هر چند سابقه تشيع در ايران از قرن اول و دوم است و شهيد اول كتاب «اللمعة المدمشقيه» را مقابل درخواستحاكم خراسان «نجم الدين، على بن مؤيد علوى طوسى» حاكم بين سالهاى 766 - 783 هجرى به ايران ارسال نمود ليكن اين بار به دعوت ايرانيان پاسخ مثبت داده شد و دانشمندانى از آن ديار به ايران آمدند از آن جملهاند: 1 - على بن عبد العالى كركى(870 - 940ق) 2 - كمال الدين درويش محمد بن الحسن العاملى 3 - على بن هلال الكركى(متوفى 993ق.) 4 - حسين بن عبد الصمد الجباعى(918 - 948ق.) 5 - بهاء الدين العاملى(953 - 1030ق.)
همچنين براى نشر تفكر شيعى و مذهب تشيع در ايران لازم بود حركتى فرهنگى در پى ترجمه و تاليف فراهمآيد كه با حضور دانشمندان جبل عامل به ايران اين حركتسرعت پذيرفت.
از جمله كتبى كه در اين دوره ترجمه شد تا اصول اعتقادات شيعه را بيان دارد و به فروع احكام آشنا سازد كتابهاى زير است: 1 - كشف الغمه فى معرفة الائمه 2 - وسيلة النجاه در معرفت اعتقادات از شيخ صدوق ترجمه زوارهاى 3 - صحيفه سجاديه، ترجمه ملا محمد صالح بن محمد باقر روغنى قزوينى 4 - شرح اربعين حديث ترجمه كتاب اربعين حديثشيخ بهايى مترجم سيد محمد بن محمد باقر حسينى خاتون آبادى 5 - تقسير «منهج الصادقين» فتح الله بن شكر الله كاشانى به فارسى 6 - شرح نهج البلاغه فتح الله كاشانى به فارسى 7 - مفتاح النجاح ترجمه كتاب عده الداعى احمد بن فهد حلى - از على بن حسين زوارهاىاين دوره در گسترش اعتقادات شيعه و فقه و حديث و رياضيات و هيات و ديگر علوم و نهضت فرهنگى و نشر مذهب تشيع گامهاى بلندى را برداشت چنانكه كتب سهگانه حديث در اين عصر تاليف گرديد: 1 - «وسائل الشيعه الى تحصيل مسائل الشريعة» محمد بن الحسن الحر العاملى(1033 - 1104ق.) 2 - «الوافى» فيض كاشانى(1010 - 1090ق.) 3 - «بحار الانوار» محمد باقر مجلسى - الثانى(1037 - 1111ق.)عناوين شغلى علما در دوره صفويه
صفويه دولتى برخاسته از «تصوف» بود كه صورت روحانى آن تبديل به سيستم سياسى - روحانى شده و پيروزى آنان را فراهم ساخته بود و «قطب» آنان با «امام» شيعيان مفهوم واحدى را در امور سياسى به نظر مىآورد ليكن محدوه امام هر قطبى را نمىگرفت و ولايت نمىتوانست به هر مرشدى تعلق گيرد از اين رو در دولت صفوى سه قدرت نمايان شد: 1 - تصوف 2 - سلطنت و شاه 3 - فقهاى اماميه به عنوان نايب امام عصر(عج)
دولت صفوى از جمله شاه اسماعيل براى اداره جامعه اسلامى نياز به فقيهى داشت تا هماهنگ با او در حيطه امور دينى اين جامعه به كار پردازد و مشروعيت رژيم را فراهم سازد بدين جهت از ميان فقهاى موجود يكى را به عنوان «صدر» برگزيد. و به دليل همين نياز و نيز دعوت او و فرزندش طهماسب بسيارى از فقهاى لبنان به ايران مهاجرت كردند.
با هجرت محقق كركى و حضور در ايران از آنجايى كه مرتبه علمى او فزونتر از «صدر» بود عنوان « شيخ الاسلام» به وى دادند صدر با كارهاى ادارى درآميخته بود ولى شيخ الاسلام بيشتر جنبه مذهبى و مقام افتاء داشت.
همچنين از ديگر عناوينى كه در دوره صفوى رايج بود عناوين «مجتهد»،«پيشنماز» «مدرس»، «قاضى» و «مفتى» است كه هر يك موقعيت دينى و اجتماعى خاص داشتهاند.
چنانكه در دوره نخستحوزه علميه اصفهان اشاره شد شيخ الرئيس ابوعلى سينا مدتى در اصفهان به تدريس علوم عقلى پرداخته است و در واقع از قرن چهارم و پنجم هجرى اصفهان با علوم عقلى آشناست. همانگونه كه حوزه علميه همدان در اين قرن به بركت وجود شيخ مركز ثقل فلسفه را از بغداد به همدان انتقال داده است ليكن به جهت اقامت محدود بوعلى در اصفهان حوزه فلسفى اصفهان در اين دوره چندان درخشان نيست.
درخشش حوزه فلسفى اصفهان به عصر ميرداماد شيخ بهايى و صدر المتالهين شيرازى مىرسد كه در زمان حكومت صفويان حوزه اصفهان را اداره مىنمودند به بيان ديگر اصفهان از قرن يازدهم تا قرن سيزدهم در گرانبهاى فلسفه و علوم عقلى را در خود جاى داده بود تا اينكه در قرن سيزدهم با عزيمت «ملا عبد الله زنوزى» معروف به آقا حكيم به تهران مركزيت علوم عقلى به آنجا انتقال يافت.
لازم به يادآورى است كه با مهاجرت صدر المتالهين از اصفهان به قم در حوزه فلسفى اصفهان وقفهاى پيش آمد كه موجب ركود علوم عقلى در اين شهر شد البته ديگر شاگردان ميرداماد مكتب فلسفى را در اصفهان تا قرن سيزدهم ادامه دادند ليكن حوزه قم با برخوردارى از استاد فرزانهاى چون صدر المتالهين و شاگردان مبرزش وامدار حكمت متعاليه شد.
حوزه علميه اصفهان از جمله حوزههاى نادرى است كه بيشترين مهاجرت علمى علما و دانشمندان اسلامى را به خود پذيرفته و از حوزههاى علميه شيعه بسان «جبل عامل لبنان»، «احساء» و «بحرين» بهرهها برده و دانشها اندوخته است در اين مجال به برخى از رجال اين حوزه اشاره مىكنيم: 1 - محمد باقر داماد(969 - 1041ق.) 2 - شيخ بهايى(1030ق.) 3 - ملا محمد تقى مجلسى 4 - علامه محمد باقر مجلسى(1037 - 1111ق.) 5 - سيد نعمت الله جزايرى 6 - آيت الله مجاهد سيد حسن مدرس(1287 - 1357ق.) 7 - آيت الله ميرزا محمد جواد اصفهانى(1240 - 1312ق.) 8 - آيت الله ميزرا احمد بيد آبادى(1279 - 1357ق.) 9 - آيت الله ميرزا محمد على شاهآبادى(129 - 1369ق.) 10 - آيت الله حاج آقا حسين خادمى(1319 - 1405ق.)
از ديرباز بيوت آيات عظام و دانشمندان اسلامى مراكز تعليم و تربيت بوده و اين آموزش به گروهى خاص اختصاص داده نشده است. بر پايه همين امر از ميان اين خاندان علم و فضيلت زنان دانشمندى در فقه واصول و حديث و ... برخاستهاند. خاندان پر فضيلت علامه مجلسى از اين قبيل است.
در دوره اخير از «بانوى مجتهد ايرانى، بانو نصرت امين» كه از جمله دانشمندان و نويسندگان تواناى حوزه اصفهان است بايد نام برد.
بانو نصرت امين به سال 1308 ق. - 1265 ش. در اصفهان متولد شد و پس از فراگيرى قرآن به تحصيل علوم ادبى و دينى پرداخت تا به مقام اجتهاد نايل آمد.
1 - حجة الاسلام حاج آقا حسين نظام الدين كچويى 2 - حجة الاسلام و المسلمين آقا ميرزا على اصغر شريف 3 - آيت الله آقا سيد ابوالقاسم دهكردى 4 - آيت الله ميرزا على آقا شيرازى 5 - آيت الله حاج مير سيد على نجف آبادى
«اربعين الهاشميه»، «تفسير مخزن العرفان» در پانزده جلد، «ترجمه تهذيب الاخلاق»، ابن مسكويه و «نفحات الرحمانية» از جمله تاليفات اين بانوى دانشمند است.
بانوى اصفهانى پس از رسيدن به مدارج عالى به تاسيس مدارس نيز همت گمارد كه مىتوان از دو مدرسه زير نام برد: 1 - «دبيرستان دخترانه امين» تاسيس درسال 1344ش. 2 - «مكتب فاطمه(ع)» كه خود ايشان در آن تدريس مىكردند.
«علويه زينب السادات همايونى»، «علويه عفت الحاجيه افتخار امين» و «فخر السادات ابطحى» از جمله شاگردان فاضل مكتب بانوى ايرانى هستند. اين بزرگ بانوى ايرانى به سال 1403ق. - 23 خرداد 1363ش. دار فانى را وداع گفت.