نجف اشرف تا قبل از شهادت امير المؤمنين على(ع) سرزمينى معروف نبود و شرافت آن از مولود كعبه است كه پس از شهادتش در آن سرزمين آرميد و سيل عشاق را به سوى خود جلب كرد.
اين شهر قبل از هجرت شيخ طوسى، سرزمينى بود كه برخى از علويان و شيعيان خاص امير مؤمنان(ع) را در خود جاى داده بود ليكن با هجرت شيخ طوسى دانشجويان علوم اسلامى نجف اشرف را به مركز شيعه و دانشگاه بزرگ شيعه اماميه تبديل كردند و پس از آن هزارن دانشجو و متفكر شيعى در اين دانشگاه پرورش يافته به نشر معارف اهل بيت(ع) همت گماردند.
نبايد تصور كرد كه پيش از شيخ طوسى دانشمندان شيعى در نجف اشرف نبودهاند بلكه پيش از وى رجال علم در آن شهر سكونت داشته و به برخى از دانشمندان شيعى اجازه روايت دادهاند ليكن نجف از زمانى به عنوان مركز فقه شيعى و علوم آل البيت(ع) درآمد كه شيخ طوسى به آن شهر هجرت كرد و با دانشمندان حاضر در مكتب درس خويش حوزه علميه نجف اشرف را بنانهاد.
نخستين دوره از حوزه علميه نجف اشرف با هجرت شيخ طوسى از بغداد به نجف آغاز مىگردد و تا قرن ششم هجرى ادامه مىيابد.
شيخ الطائفه پس از 22 سال مرجعيت در بغداد به نجف اشرف هجرت كرد و پس از گذشت 12 سال به ديار باقى شتافت.
شيخ طوسى از جمله دانشمندان شيعى است كه به علوم نقلى و عقلى احاطه كامل داشته و تاليفاتى در هر يك از موضوعات و علوم اسلامى به رشته تحرير درآورده است.
هجرت شيخ طوسى به نجف اشرف موجب گشته تا دهها دانشمند شيعى در اين حوزه گرد آيند و صدها دانشپژوه به تحقيق و تاليف پردازند و از محضر دانشمندان بهره برند و همين امر به بنيانگذارى حوزه علميه نجف اشرف انجاميد حوزهاى كه با برخوردارى از بزرگان علم و عمل دانشكدههاى مختلف خود را در اين دانشگاه بزرگ شيعى تاسيس نمود و به علوم اسلامى در فقه و كلام و تفسير و حديث پرداخت.
پس از رحلتشيخ طوسى به سال 460 هجرى فرزندش «شيخ ابو على طوسى» - زنده در سال 515 هجرى - مرجعيتشيعه را عهدهدار گرديد و ابو نصر محمد بن ابى على الحسن بن ابى جعفر محمد بن الحسن الطوسى» فرزند ابوعلى پس از پدرش حوزهاى را كه جدش داير كردهبود اداره نمود.
در اين دوره كه از قرن ششم تا نهم هجرى به طول انجاميده حوزه علميه كربلا از تحرك بيشترى برخودار بوده است و دانشمندانى چون «ابو العباس احمد بن على نجاشى» «عماد الدين ابى حمزه طوسى» «سيد فخار موسوى حائرى» «رضى الدين على بن طاووس» «شمس الدين محمد بن مكى» (شهيد اول) «ابن خازن حائرى» و «ابن فهد حلى» در آن به تربيت دانشجويان علوم دينى مشغول بودهاند از اينرو حوزه علميه نجف در آن برهه از رونق چندانى برخودار نبود چه آنكه اغلب رجال علم در حوزه كربلا سكنى گزيدند برخى علت ركود علمى اين دوره را به سبب تحرك حوزه حله در اين عصر دانستهاند و بيوتات علميه آل ادريس، آل شيخ ورام، آل فهد، آل طاووس و ... را دليل گفتار خويش ساختهاند.
دوره سوم حوزه علميه نجف اشرف از قرن نهم هجرى آغاز مىگردد و تا قرن يازدهم هجرى ادامه مىيابد. پس از اين دوره كه عصر حضور فقهاى اصولى است، علماى اخبارى در اين مركز فعاليت بيشترى داشتهاند.
جمال الدين و شرف المعتمدين ابوعبد الله مقداد بن عبد الله بن محمد بن حسين بن محمد سيورى حلى اسد غروى، معروف به «فاضل مقداد» از فقهاى شيعه و دانشمندان بزرگ اين دوره است كه روستاى «سيور» حله متولد گرديده و از شاگردان شهيد اول است وى نه تنها در فقه دانشمندى برجسته است بلكه متكلمى ورزيده به حساب مىآيد.
وى با نگارش شروحى بر آثار استادش مكتب شهيد اول را بارورتر ساخت و حوزه فقه استدلالى را وسعت بخشيد و با تاليف كتابى در فقه القرآن مبانى قرآنى فقه شيعى را بيانداشت و پس از آن با ديگر نگاشتهاى خود منزلت تفكر شيعى و بينش وى در اصول اعتقادات و فروع احكام را روشن ساخت.
اين دوره از اوايل قرن يازدهم شروع شد و تا آخر آن امتداد داشت و با اخباريانى اختصاص يافت كه در حوزه علميه نجف به فعاليت علمى اشتغال داشتند در اين عصر ركود علمى مباحث اصولى مشهود است تا اينكه وحيد بهبهانى از ايران به كربلا و نجف آمد و با مباحث علمى پايههاى منطق اجتهاد را تقويت كرد.
از جمله عللى كه باعثشد مكتب اخبارى بر مكتب اصولى چيره گردد و تا پيش از وحيد بهبهانى در حوزه نجف اشرف رشد يابد انتقال زعماى مكتب اصولى به حوزه علميه كربلا ذكر شدهاست كه خالى از اشكال نمىباشد.
اين دوره كه از قرن دوازدهم تا قرن پانزدهم هجرى را شامل مىگردد از پر تكاپوترين دورههاى حوزه علميه نجف اشرف به شمار مىرود.
شروع دوره پنجم حوزه نجف با هجرت وحيد بهبهانى و شاگردان وى آغاز مىگردد «سيد محمد مهدى بحر العلوم» (1155/1154 - 1212)از شاگردان وحيد بهبهانى و شيخ يوسف بحرانى است كه پس از استاد كل زعامتشيعيان و ديريتحوزه علميه نجف را بر عهده گرفت و آن در حالى بود كه هنوز سنش از 30 سال تجاوز نكرده بود. بحر العلوم از دانشمندان فرزانهاى است كه مقامات معنوى و سير و سلوكى را به نحو نيكو طى كرده و مورد احترام علماى شيعه بوده است و تالى معصوم به شمار مىرود كرامات زيادى از او نقل شده است و گويند شيخ جعفر كاشف الغطا دانشمند معاصر وى با تحت الحنك عمامه خويش غبار نعلين او را پاك مىكرد.
حوزه علميه نجف كه سالهاى متمادى ماوى و مامن علماى بزرگ شيعه بود مهمترين دستاورد آن اجتهاد پويا و پرورش اساطين و بزرگانى در علم فقه و اجتهاد بود كه ذيلا به بعضى از اسطوانههاى فقه در حوزه نجف اشاره كنيم.
1 - شيخ اعظم انصارى - قدس سره - كه با نگرشى جديد به مبانى اجتهاد تحولى شگرف در علم اصول به وجود آورد و مكتب اصولى وى را شاگردان مبرز او بسان ميرزاى شيرازى، ميرزاى رشتى و آيت الله كوه كمرى ادامه دادند تا آنكه شخصيتهاى متفكر و مجددى بسان آخوند خراسانى پا به عرضه نهاد و مكتب اصولى شيخ اعظم را ترتيبى نوين بخشيد و امهات مباحث اصولى را در كتاب وزين «كفايه» فراهم آورد.
2 - آيت الله شيخ محمد حسين اصفهانى، آيت الله آقا ضياء الدين عراقى و ديگر شاگردان آخوند خراسانى با تدوين كتب و تدريس اصول فقه با اسلوب جديد تحولى را كه از عصر شيخ اعظم به وجود آمده بود تداوم بخشيدند علامه نائينى نيز با ژرفنگرى خويش بر عمق و محتواى مباحث اصولى افزود و جايگاه علم اصول در فقه جعفرى پرازندهتر از هميشه خودنمايى كرد و لياقتخويش را در اجتهاد شيعى نشان داد.
اينك وقت آن رسيده بود كه علم فقه ترتيبى منسجم به خود گيرد و فروع احكام از امهات مباحث استخراج گردد و با روشى نوين تدوين يابد.
3 - حضرت آيت الله سيد محمد كاظم يزدى (1247 - 1338 ق.) با تاليف «عروة الوثقى» و حضرت آيت الله سيد ابو الحسن اصفهانى (1277 - 1365 ق.) با نگارش «وسيلة النجاة» مسايل شرعى را با جامعيتى فراگير تدوين كردند و به دنبال حركت علماى اصول در فقه شيعى تحولى ديگر به وجود آوردند.
4 - آيت الله سيد محمد كاظم طباطبايى يزدى كه از حوزههاى علميه اصفهان و نجف بهره برده بود اندوختههاى خويش را با تاليف و تدريس در اختيار مشتاقان علوم اهل بيت نهاد و با نگارش كتبى در مناجات، دعا، فقه و اصول وحدت هدف در اصول معارف و فروع احكام را به اثبات رساند و جامعيتخويش را در اين علوم نشان داد.
«العروة الوثقى» با 3260 مساله فقهى كتابى شد مرجع و مراجع عظام را بر آن داشت تا از اسلوب آن پيروى كنند و فروع فقهى آن را در حوزههاى درس خارج مورد بحث و بررسى قرار دهند چنانكه تا كنون دهها حاشيه و شرح بر آن نگاشته شده است.
5 - كتاب «وسيلة النجاة» حضرت آيت الله سيد ابو الحسن موسوى اصفهانى - قدس سره - از ديگر نگاشتههاى فقه استدلالى شيعه است كه به موجب فراگير بودن مسايل آن مورد توجه فقهاى فرزانهاى بسان حضرت امام خمينى - قدس سره الشريف - واقع شد و برخى از كتابهاى استدلالى فقه شيعه بر مبناى آن تاليف گرديد آيت الله اصفهانى كه از حوزههاى اصفهان و نجف اشرف بهره برده و به مقام اجتهاد رسيده بود پس از در گذشت آيت الله ميرزا محمد تقى شيرازى در سال 1338 به عنوان مرجع تقليد معرفى شد همزمان با ايشان علامه نايينى نيز مرجع تقليد شيعيان بود تا اينكه به سال 1355 علامه نايينى در نجف و آيت الله شيخ عبد الكريم حائرى در قم از دنيا رفتند و مرجعيت عامه به آيت الله اصفهانى رسيد.
6 - حضرت آيت الله سيد محسن حكيم (1264 - 1390ق.) از ديگر فقهاى شيعه اماميه است كه در حوزه علميه نجف ياستشيعيان را بر عهده داشت وى ار دروس فقه و اصول آخوند خراسانى، آقا ضياء الدين عراقى و برخى از مردان نامى حوزه نجف بهره برده و به مقام اجتهاد رسيده بود.
7 - آيت الله خويى از ديگر مراجعى است كه در حوزه علميه نجف مرجعيتشيعه را بر عهده داشت وى كه به سال 1317 هجرى در خوى به دنيا آمده بود به سال 1330 به عتبات عاليات رفت و از اساطين حوزه علميه نجف اشرف بهره برد و به مقام اجتهاد رسيد.
پس از رحلتحضرت آيت الله خويى اصحاب جلسه فتواى ايشان كه از بزرگام حوزه نجف مىباشند با تدريس و تحقيق در مباحث اصولى و فقهى و ديگر علوم اسلامى حيات علمى فرهنگى شيعه در آن سرزمين مقدس را تداوم بخشيدند كه حضرات آيات سيد عبد الاعلى سبزوارى(ره) و سيد على سيستانى از آن جملهاند.
مدارسى كه در حوزه علميه نجف داير است عبارتند از:
1 - مدرسه علوم اسلامى
2 - مدرسه دينى خواهران
3 - مدرسه عاملىها
4 - مدرسه سيد محمد كاظم يزدى
5 - مدرسه مجدد شيرازى
6 - مدرسه شيخ انصارى
7 - مدرسه آيت الله بروجردى
8 - مدرسه شوشترى
9 - مدرسه هندى
10 - مدرسه متوسط آخوند خراسانى
11 - مدرسه بزرگ خليلى
12 - مدرسه قزوينى
13 - مدرسه قوام
14 - مدرسه بادكوبهاى
15 - مدارس آيت الله سيد عبد الله شيرازى
16 - مدرسه جامعة النجف
17 - مدرسه مقداد سيورى - سليمية
18 - مدرسه شيخ عبد الله
19 - مدرسه صحن شريف - غروية
20 - مدرسه صحن شريف بزرگ
21 - مدرسه صدر
22 - مدرسه معتمد كاشف الغطا
23 - مدرسه مهدية
24 - مدرسه ايروانى
25 - مدرسه بخارى
26 - مدرسه شريبانى
27 - مدرسه بزرگ خراسانى
28 - مدرسه كوچك خليلى
29 - مدرسه كوچك آخوند خراسانى
30 - مدرسه بزرگ بروجردى
31 - مدرسه طاهريه
32 - مدرسه كوچك بروجردى
33 - مدرسه جوهرچى
34 - مدرسه رحباوى
35 - مدرسه عبد العزيز بغدادى
36 - مدرسه افغانىها
37 - مدرسه يزدى
38 - مدرسه حكيم
39 - مدرسه كلباسى