نخستين دوره از حوزه علميه كربلا به عصر ائمه شيعه مىرسد كه در آن برخى از راويان حديث به تربيتشاگرد اقدام كردهاند اين دوره تا عصر غيبت كبرى ادامه دارد.
«عبد الله بن جعفر حميرى» از شاگردان و اصحاب امام هادى(ع) و امام حسن عسكرى(ع) و از نخستين كسانى است كه در حوزه علميه كربلا به تربيتشاگرد همت گماردهاست.
اين دوره پس از غيبت كبرى آغاز گرديد و تا قرن يازدهم هجرى امتداد يافت.
دانشمند عاليقدر رجالى «ابوالعباس احمد بن على بن احمد بن عباس نجاشى» از شاگردان شيخ مفيد و اساتيد سيد مرتضى و شيخ طوسى از بزرگان علماى بغداد است كه در شهرهايى چون نجف، كوفه، سامرا، و بصره و كربلا به آموزش فقه، حديث، رجال، تاريخ و ادب پرداخته است. كتاب رجال او از مشهورترين كتب رجالى شيعه است.
«عماد الدين ابن حمزه طوسى» كه از بزرگان فقه شيعه در قرن ششم هجرى است در اين شهر به خاك سپرده شده و به احتمالى در كربلا حوزه درس داشتهاست.
«سيد فخار موسوى» از فقهاى نامدار شيعه در قرن هفتم هجرى است
«رضى الدين على بن طاووس» از ديگر دانشمندان شيعى است كه روزگارى را در حوزه عمليه كربلا سپرى كردهاست.
«شهيد اول شمس الدين محمد بن مكى»
«ابن فهد حلى»
اين دوره پربركتترين دوره از ادوار حوزه علميه كربلا و در عين حال جنجالىترين آنهاست در دو دوره قبل فقها و محدثين در كنار هم در كمال آرامش به فعاليت مشغول بودند و هر يك از دو مكتب شيعى به نيازهاى جامعه پاسخ مىگفتند.
در دو قرن يازدهم و دوازدهم عللى دست به دست هم داد تا مكتب اخبارى رواج يابد و مكتب اصولى را تحت الشعاع قرار دهد از جمله: 1 - روى كار آمدن دولتشيعى صفوى 2 - جو علمى حاكم بر حرمين شريفين
دولتشيعى صفوى براى حفظ استقلال كشور خود مىبايست تدابيرى مىانديشيد تا وحدت ملى را حفظ نمايد و شور و حماسه عقيدتى بهترين عامل وحدت بود و يگانگى هدف را تامين مىكرد لذا دعوت از فقهاى شيعه براى هدايت جامعه نخستين طرحى بود كه شاهان صفوى در پيش گرفتند و پس از چندى اين منصب را به محدثين و اخباريان دادند.
در جايگرينى محدثين عواملى دخالت داشتند كه از عمده آنها جو علمى حاكم بر حرمين شريفين را بايد نام برد.
اشاعره و اهل حديث بر حوزههاى علمى حرمين در حجاز مسلط شده بودند و ظواهر كتاب و سنت و اصول مذهب مالك و ابن حنبل اساس فقه و فتوا بود عقيده ظاهريان يعنى حجيت ظاهر آيات و احاديث و مخالفت با اجتهاد و راى و قياس كه ابوسليمان داوود اصفهانى (متوفى 270 ق.) و پسرش محمد بن داوود (متوفى 297 ق.) در بغداد بنيان نهاده بعضى از علماى مصر و اندلس چون ابن تيميه و اين حزم آن را استوار نموده بودند در حجاز رواج داشت و بيشتر محدثين آن خطه به اين رويه عقيده داشتند شيخ محمد بن عبد الوهاب نجوى (1115 - 1206 ق.) و شاه ولى الله احمد بن عبد الرحيم فاروقى دهلوى (1110 - 1176ق.) تحت تاثير همان جو علمى قرار گرفتند كه اولى مكتب و فرقه وهابى را در نجد و دومى مكتب اهل حديث را در هند بنيان نهاد.
«ميرزا محمد استرآبادى» و شاگردش«ميرزا محمد امين استرآبادى» نيز به احتمال قوى تحت تاثير محيط حرمين بودند كه طريقت اخبارى را پايهگذارى كردند و به ترويج آن در بلاد شيعه پرداختند پس از چندى اين مكتب در عراق و سواحل خليج فارس و ايران توسعه يافت ايامى كه مكتب اخبارى به وجود آمد و رشد كرد نياز به وحدت ملى نيز از جانب صفويان بيش ار پيش احساس گرديد و اين وحدت دلخواه صفويه با مكتب اجتهاد سازگار نبود چرا كه در مكتب اجتهاد فقها در غيبت امام عصر(عج) منصب رهبرى جامعه را برعهده داشتند ولى با انديشه اخبارى در عين حال شور و حماسه مذهبى برانگيخته مىشد ولى رهبرى همچنان در دستشاهان باقى مىماند چون اخباريان خود و همه را مقلد امامان معصوم(ع) مىدانستند ناگفته پيداست كه مسايل جديد و رهبرى جامعه در اين طرز تفكر نديده گرفته شدهبود و شاهان صفوى اين منصب را اشغال مى كردند.
در اين عصر جنگ خوارج در بحرين رخ داد و مهاجرت علماى بحرينى به ايران و عتابات مكتب اخبارى را در ايران و عراق رواج داد و با روى كار آمدن اخباريان در دولت صفوى پايههاى اين مكتب قوت گرفتحضور سيد ابو على ماجد بحرانى(متوفى 1028 ق.)در شيراز و اشغال منصب شيخ الاسلامى نمونهاى از روى كار آمدن اخباريان در دولت صفوى است.
«شيخ يوسف بحرانى» (1107 -1186 ق.)
آقا محمد باقر اصفهانى، معروف به «وحيد بهبهانى» (1117 - 1205 ق.)ملا محمد شريف فرزند حسنعلى آملى مازندرانى
سيد محمد مجاهد از علماى حوزه علميه كربلا در اين دورهاند
اين دوره از قرن سيزدهم هجرى شروع مىشود و تا عصر حاضر ادامه دارد به نظر مىرسد اين دوره از حوزه علميه كربلا با هجرت ميرزا محمد تقى شيرازى (مجدد دوم) شروع شده باشد زمانى كه ميرزاى دوم پس ازميرزاى بزرگ به رجعيتشيعيان رسيد به كربلا رفت و در اين حوزه بود كه فتواى مشهور خود را عليه استعمار انگليس صادركرد.
استعمار انگليس ملت عراق را مجبور كردهبود تا نماينده دولت بريتانيا «سرپرستى كاكس» را به عنوان رئيس حكومت عراق بپذيرد و همه جا در همه موارد از اوامر او اطاعت كنند مردم با استفتايى نظر مرجع تقليد و رهبر شيعيان را جويا شدند و ميرزاى شيرازى دوم با توجه به نقشههاى شوم انگليس فتواى زير را صادر كرد: «ان المسلم لا يجوز له ان يختار غير المسلم حاكما»
در برشمارى مدارس علميه كربلا به موارد زير بر مىخوريم: 1 - مدرسه سردار حسن خان 2 - مدرسه صدر اعظم نورى 3 - مدرسه زينبيه 4 - مدرسه هنديه 5 - مدرسه باد كوبه - ترك 6 - مدرسه ميرزا كريم شيرازى 7 - مدرسه البقعة 8 - مدرسه سليميه 9 - مدرسه مهدية 10 - مدرسه هنديه صغرى 11 - مدرسه ابن فهد حلى 12 - مدرسه مجاهد 13 - مدرسه شريف العلماء 14 - مدرسه بروجردى 15 - مدرسه امام باقر(ع) 16 - مدرسه حسنيه 17 - مدرسه خطيب 18 - مدرسه امام صادق(ع) 19 - مدرسه اكبرية
از آيات عظام و مراجع تقليدى كه در دورههاى اخير در اين حوزه سكنى گزيده بودند مىتوان به افراد زير اشارهكرد: 1 - آيت الله العظمى سيد حسين قمى 2 - آيت الله العظمى سيد ميرزا مهدى شيرازى 3 - آيت الله العظمى سيد على بهبهانى 4 - آيت الله شيخ محمد خطيب 5 - آيت الله سيد عبد الحسين حجت 6 - آيت الله شيخ محمد رضا اصفهانى 7 - آيت الله سيد حسن قمى 8 - آيت الله شيخ محمد على سيبويه 9 - آيت الله العظمى ميرزا هادى خراسانى 10 - آيت الله العظمى سيد محمد هادى ميلانى
مدرسين حوزه علميه كربلا در دوره اخير عبارت بودند از: 1 - آيت الله سيد اسد الله اصفهانى 2 - آيت الله سيد كاظم مدرس 3 - آيت الله شيخ محمد شاهرودى 4 - آيت الله شيخ مهدى قمى 5 - آيت الله شيخ مرتضى آشتيانى 6 - آيت الله سيد محسن جلالى 7 - آيت الله سيد نور الدين ميلانى 8 - آيت الله سيد محمد صدر 9 - آيت الله سيد زين العابدين كاشانى 10 - حجة الاسلام و المسلمين شيخ جعفر رشتى 11 - حجة الاسلام و المسلمين سيد عبد الله خويى 12 - حجة الاسلام و المسلمين شيخ يحيى زرندى 13 - حجة الاسلام و المسلمين سيد محمد حسن جناب 14 - حجة الاسلام و المسلمين شيخ ابراهيم پاكستانى 15 - حجة الاسلام و المسلمين شيخ عبد الرحيم قمى 16 - حجة الاسلام و المسلمين شيخ على اكبر سيبويه 17 - حجة الاسلام و المسلمين شيخ عبد الحسن بيضايى 18 - حجة الاسلام و المسلمين شيخ موسى كلهر
اين حوزه به سبب وجود دانشمندان شيعى و متفكران اسلامى توانستهاست كتابها و دايرة المعارفهاى شيعى در علوم مختلف اسلامى را نگاشته و به جهان علم تقديم دارد برخى از آنها عبارتند از: 1 - «المعصومين(ع) من المهد الى اللحد» اثر حجة الاسلام و المسلمين سيد كاظم قزوينى 2 - «موسوعة الكلمة» اثر شهيد سيد حسن شيرازى 3 - «دائرة المعارف» اثر حجة الاسلام و المسلمين شيخ محمد حسين اعلمى 4 - «موسوعة الامامة الكبرى»اثر آيت الله سيد حسن قزوينى 5 - «موسوعة تفسير القرآن الحكيم» اثر حجة الاسلام و المسلمين سيد محمد تقى مدرسى 6 - «موسوعة الرجال» اثر سيد عباس كاشانى