بعد از عصر امام صادق(ع) بيشتر ائمه به بغداد قدم گذارده و چندى در آنجا توقف كردهاند كه البته امام كاظم و امام جواد - عليهما السلام - در همان جا نيز به شهادت رسيده و دفن گرديدهاند.
با افزوده شدن بر سابقه تاريخى بغداد تجمع شيعيان در اين شهر بيشتر گرديد تا اينكه در قرن سوم و چهارم و پنجم هجرى مركز عمده شيعيان شد و دانشمندان آن سامان رياست مطلق شيعيان را بر عهده گرفتند كه «نواب اربعه» از آن جملهاند.
حضرت امام كاظم(ع) بعد از شهادت پدر گرامىشان حضرت امام صادق(ع) راه وى را ادامه داد و به نشر معارف الهى پرداخت چنانكه علما و دانشمندان بزرگى از فقها محدثان، متكلمان و عرفا در مكتب موسوى(ع) درس دين آموختند و با قرآن و سنت آشنا گشتند استاد عزيز الله عطاردى رقم روايان حديث ايشان را 638 نفر مىداند.
امام كاظم(ع) در عصرى مىزيست كه عقايد انحرافى ترويج مىشد و برخى از متكلمان در تفسير ايات قرآنى و صفات الهى به گمراهى افتاده بودند مساله تجسيم، جبر و تفويض، انكار عذاب قبر و معاد جسمانى از جمله مواردى بود كه در ميان مردم منتشر شده بود امام براى مقابله با انديشههاى انحرافى با گفت و گوهاى علمى و مباحث عميق و برهانى خويش راه مبارزه را در پيش گرفتند و اين بدان معنى نبود كه امام كاظم(ع) باب عقل را مسدود نمايند و انسان را از تفكر و تعقل باز دارند بلكه روش امام پيروى از روش قرآن كريم بود همان گونه كه قرآن براى عقل و عقلا و علم و علما احترام قايل بود ايشان نيز با زبان قرآن و با سلوك قرآنى اصحاب خويش رابه تعقل و تفكر مىخواند وصاياى ايشان به هشام بن حكم سيره علمى و تفكر قرآنى آن حضرت را روشن مىدارد ايشان مىفرمايند: «خداوند تبارك و تعالى در قرآن اهل عقل و تفكر را بشارت داده و فرموده است آن بندگان مرا كه سخنان را گوش كنند و از بهترين آنها پيروى نمانيد بشارت ده اينها كسانى هستند كه خداوند هدايتشان كرده و اينان خردمندان مىباشند.»
امام كاظم(ع) علاوه بر سلوك علمى و ترغيب دانشجويان مكتبش به تعقل و تفكر آنان را با سلوك عملى نيز آشنا ىساختشناسايى مراحل سلوك عملى نيز با براهين قرآنى همراه است وى متواضعترين مردم را خردمندترين آنها مىشمارد و دنيا را به دريايى ژرف شبيه مىكند كه كشتى آن بايد تقوى باشد و بارش ايمان، بادبانش توكل ناخدايش عقل، راهنمايش علم و سكانش صبر.»
امام كاظم(ع) به تربيتشيعيان و آموزش آنان اكتفا نمىكند و فقه و حديث و كلام و تفسير را به گونهاى خشك كه تنها جنبه آموزشى داشتهباشد نمىپذيرد لذا با سيره عملى خويش مسايل سياسى را با سنت نبوى(ص) در مىآميزد و پاسخهاى دندانشكنى به ائمه كفر مىدهد تا در هدايت جامعه اسلامى كوتاهى نكرده باشد هرچند جانش با اين روش مورد تهديد قرار گيرد.
دوره دوم حوزه علميه بغداد از روزى شروع مىشود كه امام كاظم(ع) به ديار باقى شتافتهاست و برخى از راويان حديث وى در آن شهر به تربيتشاگردان مشغولند و آن به گونهاى است كه امام رضا(ع) از مدينه به خراسان رفته و حجاز و عراق از ديدار وى محروم گشتهاند.
اين دوره از عصر امامت امام جواد(ع) شروع مى گردد و آن زمانى است كه حاكم مدينه مامون را از نفوذ كلام امام شيعيان آگاهند و از گسترش تفكر شيعى و نهضت علوى بيم دادهاست و او نيز بقاى خلافتخويش را در تبعيد امام محمد تقى(ع) و تحت نظر گرفتن وى دانسته است.
اين دوره به عصر غيبت صغرى اختصاص دارد و نواب چهارگانه امام مهدى(عج) با استفاده از عنصر تقيه به رشد و تعالى شيعه در اين شهر پرداختند و در كميت و كيفيت جامعه شيعه نشين بغداد نقش مؤثرى ايفا نمودند به صورتى كه حوزه علميه بغداد پس از غيبت صغرى ادامه يافت و دانشمندان بسيارى را در خود پرورد.
حوزه بغداد در اين دوره از ادوار پنچگانه خويش از جهت مرجعيت و رهبرى امت اسلامى نظرگاه تمامى شيعيان بود و اين حوزه تنها حوزهاى است كه عصر امامت غيبت صغرى و كبرى را درك كرده و رهبرى شيعه در آن به سر مىبردهاست.
بدين ترتيب «عثمان بن سعيد»، «محمد بن عثمان»، «حسين بن روح»و «على بن محمد سيمرى» علاوه بر جوابگويى به ارجاعات فقهى و اخذ وجوهات شرعى رهبرى شيعه را نيز بر عهده داشتند تا اينكه توقيعى از سوى حضرت امام عصر (عج) صادر شد كه فرموده بود: «اى على بن محمد سيمرى خداوند بزرگ در مصيبت درگذشت تو به برادران دينىات پاداش عظيم عنايت فرمايد تا شش روز ديگر از دنيا خواهى رفت. بنابراين امور زندگى خود را تمام كن (دفتر كار خويش را ببند) و هيچ كس را وصى و جانشين خويش قرار مده زيرا دوران غيبت كبرى آغاز شده و امر ظهور موكول به اجازه خداوند برزگ است كه آن هم پس از غيبت طولانى قساوت دلهاى مردم و دورى آنان از حقايق و فراگير شدن ظلم و جور در دنيا خواهد بود.
بزودى افرادى به سوى شيعيان من آمده ادعاى مشاهده (نيابتخاصه) مرا خواهند كرد آگاه باشيد كه هر كس قبل از خروج سفيانى و شنيدن صيحه آسمانى ادعاى مشاهده كند دروغگو است و بر خدا و رسول او افترا مىبندد و تمام قدرتها و نيروها از آن خداوند متعال است.»
و با روايت «و اما الحوادث الواقعة فارجعوا فيها الى رواة حديثنا فانهم حجتى عليكم و انا حجة الله عليهم» شيعيان را پس از چهارمين نايب خاص به نواب عامه ارجاع فرمود.
اين دوره به غيبت كبرى مربوط مى شود كه در آن فقها و دانشمندان شيعى بسيارى در بغداد به سر مىبردند از جمله «ابوالفرج اصفهانى» «شيخ مفيد»، «كلينى رازى»، «سيد رضى»و «شريف مرتضى».
البته نبايد از ياد برد كه بغداد مركز خلافت عباسى و مركز علمى فرهنگى اهل سنت نيز بود و مشاهيرى از اهل سنت نيز در آن حوزه به سر مىبردند ابوحنيفه نعمان بن ثابت ابو عبد الله احمد بن محمد بن حنبل و ابو جعفر محمد بن جرير طبرى در اين شمارند
دانشمندان و علماى شيعه در اين حوزه تنها از فقها و ادبا نبودند بلكه درميان آنان به شعراى اهل بيت(ع) و عرفاى نامى نيز بر مىخوريم.
نقابت علويان از مواردى است كه درحوزه علميه بغداد به وجود آمد و موسس اين حكومت و تشكيلات آن به«حسين نسابة ابن احمد» مىرسد كه از حجاز به بغداد روى نمود وى زمانى به بغداد هجرت كرد كه «مستعين بالله» حكومت مىكرد و سال 251 هجرى بود او كه از خاندان زيد شهيد فرزند امام زين العابدين(ع) بود به نزد خليفه حاضر شد و گفت: «از شما درخواست مىنمايم كه حاكمى براى طالبيين بگمارى كه مردى از آنان باشد و وى را اطاعت نمايد.»
مستعين كه در عصر تزلزل خلافتش به سر مىبرد با راى «حسين نسابة» موافقت كرد ومنصب نقابت را در جمعى از طالبيان به وى بخشيد.
پس از وى پسرش «يحيى» و سپس فرزند او «ابوالحسن الفارس، محمد بن يحيى» و بعد «ابو الحسن بن جعفر ملقب به قيراط» اوايل قرن چهارم به اين منصب رسيدند و آن گاه: - ابوعبد الله محمد بن الداعى در سال 348 - و ابو احمد حسين بن موسى الحسينى الموسوى پدر شريف رضى از سال 354 تا 369 به اين مقام رسيد تا آنكه عضد الدولة بويهى وى را در قلعهاى در فارس حبس كرد. - ابى الحسن على بن احمد العمرى - الشريف الرضى بن حسين - الشريف المرتضى - الشريف عدنان بن الشريف الرضى - ابوالغنائم العمر بن محمد - ابوالحسن ناصر بن مهدى بن حمزةنيز به منصب نقابت در بغداد رسيدند و كارهاى سادات رسيدگى به امور سياسى اقتصادى و حقوى آنان را برعهده گرفتند.
حوزه علميه بغداد به علت ضعف دستگاه حاكم عباسى و ظهور شخصيتهاى بزرگى در فقه و حديث و اصول و كلام در اين دوره به اوج شكوفايى رسيد و كتب اربعه شيعه در اين حوزه به رشته تحرير درآمد.
نخستين كتاب از مجموعه مشهور مكتب تشيع است كه «ابوجعفر محمد بن يعقوب كلينى» به تدوين آن همت گمارده است. جمع آورى اين كتاب گرانقدر كه به هشت جلد مىرسد و حدود 16190 حديث را در خود فراهم آورده است بيستسال به طول انجاميد وى به سال 328/329 هجرى وفات يافت ودر باب الكوفه بغداد به خاك سپرده شد.
دومين كتاب از كتب اربعه است كه به همت فقيه و محدث عصر «ابو جعفر محمد بن على بن بابويه قمى» تاليف گرديده است. تاليفات او از مرز سيصد جلد مىگذرد و اين كتاب مشهورترين آنهاست. شيخ صدوق در حوزههاى علمى رى، نيشابور، خراسان و بخارا مقيم بود. به سال 355 به حوزه علميه بغداد رو نهاد و به تدريس پرداخت وى يكى از اساتيد شيخ مفيد است كه در اين حوزه به افاضه و استفاضه پرداخته است.
احاديث «من لا يحضره الفقيه» به 5963 رقم مىرسد شيخ صدوق در سال 381 هجرى از دنيا رفت و در شهر رى به خاك سپرده شد.
سومين و چهارمين كتاب از مجموعه كتب اربعه شيعه است كه به وسيله«شيخ طوسى»تدوين يافته است كتاب تهذيب مشتمل بر 13590 و كتاب استبصار مشتمل بر 5511 حديث مىباشد. وى كه دوازده سال آخر عمر خويش را در جوار مرقد مبارك حضرت مولى الموحدين على(ع) سپرى كرد در 22 محرم سال 460 هجرى به جوار رحمتحق پيوست و در خانهاش مدفون شد.
بدين ترتيب «كتب اربعه» جانشين «اصول اربعماة» شد و مورد استفاده فقها در استنباط مسايل شرعى جزء متون درسى طلاب و دانشجويان قرار گرفت چنانكه «سيد بن طاووس» به فرزندش توصيه نمود كتابهاى شيخ طوسى را فراموش نسازد.
در اين دوره از حوزه علميه بغداد با وجود انديشهمندان و فقهايى بسان شيخ مفيد و سيد مرتضى و حكومتهايى چون ال بويه، اين انديشه در جامعه رشد مىكرد كه شيعه بايد خلافت و رهبرى جامعه اسلامى را بر عهده گيرد و پيشتر نيز اين حق بزرگ از آن امامان شيعه بوده است.
شيخ مفيد با تاليف كتب و مناظراتى علمى جايگاه امامت در فلسفه سياسى اسلام را روشن ساخت و سيد مرتضى اين روش را پيگيرى و درفقه سياسى نيز اصول عملى فلسفه سياسى اسلام را تبين كرد و حضور ولى فقيه در جامعه را به مثابه سرپرست مسلمانان امرى ضرورى برشمرد.
«شناخت امام و وجوب اطاعت از وى» وجوب پرداخت زكات به رسول خدا(ص) ائمه(ع) و در زمان غيبت به نواب خاص يا فقهاى جامع الشرايط شيعه، «بحثشقاق و اختلاف زوجين و دستور بعثحكمين و تعيين آنان» و «اقامه حدود» از آنجمله مواردى است كه شيخ مفيد در فقه سياسى از آنها نام برده جايگاه حكومت و حاكميت فقيه رامشخص مىنمايد.
و شايد همين امور باعث گرديده كه بنى عباس با برانگيختن برخى از مردم بغداد شيعه و مكتب تشيع را تضعيف كنند چه آنان در مقابل براهين قاطع متفكران شيعى پاسخ مناسبى نداشتند و تنها با منطق آشوبگرى و نزاع در مقابل منطق قرآنى و استدلالى مكتب علوى، خودى نشان مى دادند.
حوزه علميه بغداد يكى از حوزههاى غنى شيعه در علوم مختلف بوده كه علاوه بر علوم اسلامى در علوم شيمى فيزيك نجوم پزشكى و دارو سازى نيز دانشمندانى را به خود ديده و از آنها بهره جستهاست.
«حسن بن محمد بن عاصم محدث قمى» از جمله ستارشناسان حوزه علميه بغداد تاليفاتى در علم نجوم دارد رازى در پزشكى به چنان مقام رفيعى نايل آمده بود كه عضد الدوله ديلمى رياست بيمارستان عضدى را به وى سپرده بود.
اينك به ذكر برخى دانشمندان مشهور شيعه در حوزه علميه بغداد مىپردازيم: 1 - ابن اعلم بغدادى (324 - 375 ق.) 2 - ابن مبشر (متوفى 618 ق.) 3 - بو على بن مسكويه (325 - 421 ق.) 4 - بديع اسطرلابى 5 - جعفر قطاع 6 - زكريا رازى (240/250 - 320 ق.) 7 - كندى (1850 - 260 ق.) 8 - شيخ مفيد (336/338 - 413ق.) 9 - سيد مرتضى (355 - 634 ق.) 10 - سيد رضى (359 - 406ق.)