حوزه علميه مدينه منوره به دورههاى مختلف و اعصار گوناگون تقسيم مىشود و يكى از مهمترين و پرتحركترين حوزههاى علميه شيعه در عصر معصومين عليهم السلام است. البته با به انزوا كشاندن امامان شيعه از رونق حوزه مدينه كاسته گرديد، ليكن هنوز بعد از گذشت هزار و چهار صد سال به حيات خود ادامه مىدهد،هر چند رژيمهاى سياسى حاكم بر آن تنگ مىگيرند.
سال دوازدهم بعثت رسول اكرم(ص) دوازده تن از انصار به مكه آمده، در محلى به نام عقبه با پيامبر خدا(ص) ملاقات كردند. مصعب بن عمير همراه آنان به مدينه رفت و در ترويج دين اسلام كوشيد و به آنان قرآن آموخت. وى از فرزندان هاشم بن عبد مناف و از فاضلترين ياران رسول خداست كه به فرمان پيامبر تبليغ دين خدا را بر عهده گرفت و در جنگ بدر و احد حضور يافت. وى در جنگ احد در حالى كه پرچمدار اسلام بود به شهادت رسيد و پرچم را على بن ابى طالب(ع) برپا داشت.
اين دوره با هجرت رسول اكرم(ص) از مكه به مدينه آغاز گرديد و تا رحلت ايشان ادامه داشت هجرت پيامبر(ص) و تاسيس حكومت اسلامى در مدينه، موجب تشكيل هر چه بيشتر امت اسلامى گرديد و حضور آن حضرت، مدينه را به بزرگترين مركز نشر و معارف اسلامى تبديل نمود.حوزه پر بركت نبوى(ص) شاگردان فرزانه و عزيز الوجودى را پروريد كه بعدها خود محور علمى، فرهنگى و سياسى حوزه علميه آن ديار مقدس گرديدند.
حضرت امام على بن ابىطالب(ع)، حضرت فاطمه زهرا(س)، امام حسن و امام حسين(عليهما السلام)، تربيتيافتگان خاص مكتب وحى بودند كه در دامان پيامبر پررورش يافتند و از منبع نورانى وحى سيراب گشتند، آنان به اسرارى دستيافتند كه ديگران را دسترسى به آن غير ممكن بود.
يكى از رخدادهاى حوزه مدينه در عصر رسالت، اعزام مبلغان و قرآن شناسان از جانب رسول اكرم(ص) است، كه در راه نشر معارف قرآنى به شهادت نايل آمدند اعزامى كه به درخواست«عامر بن مالك» ملقب به «ابوبراء» تحقق يافت، شهادت 39 قرآن شناس از چهل مبلغ را در پىآورد. و در «رجيع» نيز جمع (ده تن) از اسلام شناسان شهد شيرين شهادت را سركشيدند.
حوزه علميه مدينه منوره در عصر امامت، هشت دوره را به خود ديد و از تربيت امامان شيعه بهرهها برد. دوره هفتم كه از سال 95 هجرى آغاز شد و تا سال 148 ادامه داشت عصر امامتحضرت باقر و امام صادق(ع) و يكى از پربارترين دورههاى حوزههاى علميه شيعه و جهان اسلام محسوب مىگردد.
اين دوره نخستين دوره از عصر امامت و سومين دوره از ادوار دوازده گانه حوزه علميه مدينه است. دوره سوم با رحلت رسول اعظم الهى(ص) آغاز مىشود و با شهادت امام على بن ابىطالب به پايان مىرسد. وصى پيامبر پس از رحلت رسول خدا(ص)، رياستحوزه مدينه را بر عهده داشت، همانگونه پيشوايى مسلمين از جانب الهى به وى محول گرديده بود. ليكن با پيدايى ماجراى سقيفه امام على(ع) از برقرار ساختن حكومت اسلامى و بسط هويت امت بركنار ماند تا به اصرار و اجماع مردم، خلافت و حكومت ظاهرى را پذيرا گشت.
لذا دوران امامتسى ساله حضرت مولى الموحدين على(ع) به دو بخش عمده تقسيم مىگردد: 1 - 25 سال خانه نشينى و نظارت بر امور. 2 - پنجسال حكومت.
حضرت اميرالمؤمنين على(ع) در دوره 25 ساله امامتخود ناظر و مراقب كارها و فعاليتهاى سياسى فرهنگى بود. او به سوالات علماى اديان پاسخ مىگفت و اصل امامت و وصايت بعد از پيامبر را تبيين مىنمود به فتوحات اسلامى و قضاوتها و احكام نظارت داشت و حاضر نبود با وجود او حدى از حدود الهى ضايع گردد.
پنجسال ديگر از امامتحضرت على(ع) ادامه حكومت پيامبر و قرآن بود كه با افرادى چون معاويه و خوارج در جنگهاى صفين و جمل و نهروان درگيرىهايى داشت.«نهج البلاغه» در اين دوره تولد يافتهاست. خطبهها، نامهها و كلمات قصار على(ع) در اين دوره غذاى معنوى حوزه مدينه را تامين كرده است.و در حقيقت روحى است بر كالبد حوزههاى علميه شيعه كه تا جهان باقى است به حوزههاى شيعه زندگى خواهد بخشيد و شيعه درس سياست، ديانت، زهد، و تقواى الهى را از آن خواهد آموخت و با اصول دين و احكام فردى و سنن اجتماعى و ... آشنا خواهد شد.
طلايهداران اين دوره چون عصر رسالت نمىتوانستند آشكارا به فعاليت علمى بپردازند منع تدوين حديث و جو آشوب طلبى كه معاويه و ياران وى افراشته بودند مىتوانست هر يك انرژى شيعه را حبس نمايد يا تنها در جهت دفع سموم دشمن به كار گرفته شود، ولى شيعه با شهادت دفتر خونين حوزه خويش را نگاشت و به تدوين حديث پرداخت و از امر به معروف و نهى از منكر باز نايستاد شهادت مظلومانه ابوذر غفارى در تبعيد، گواه بر جو ناامن سياسى در عصر علوى(ع) است.
اينك براى آشنايى با نخستين شيعيان و شاگردان مكتب علوى(ع) نام اصحاب خاص نبى اكرم(ص) و حضرت على(ع) را يادآور مىشويم كسانى كه از عصر رسالت به شيعيان على(ع) شهرت داشتند: 1 - عبد الله بن عباس بن عبدالمطلب 2 - عبيد الله بن عباس بن عبدالمطلب 3 - فضل بن عباس بن عبدالمطلب 4 - قثم بن عباس بن عبدالمطلب 5 - عبد الرحمان بن عباس بن عبدالمطلب 6 - تمام بن عباس بن عبدالمطلب 7 - عقيل بن ابىطالب بن عبدالمطلب 8 - ابوسفيان بن الحرث بن عبدالمطلب 9 - نوفل بن الحرث بن عبدالمطلب 10 - عبد الله بن جعفر بن ابىطالب 11 - عون بن جعفر بن ابىطالب 12 - محمد بن جعفر بن ابىطالب 13 - ربيعة بن الحرث بن عبدالمطلب 14 - طفيل بن الحرث بن عبدالمطلب 15- مقيره بن نوفل بن الحرث بن عبدالمطلب 16 - عبد الله بن ابى سفيان بن الحرث بن عبدالمطلب 17 - عبد الله بن الحرث بن نوفل بن الحرث بن عبدالمطلب 18 - عباس بن ربيعه بن الحرث بن عبدالمطلب 19 - عباس بن عتبه بن ابى لهب بن عبدالمطلب 20 - عبدالمطلب بن ربيعه بن الحرث بن عبدالمطلب 21 - جعفر بن سفيان بن الحرث بن عبدالمطلب 22 - عمرو بن ابى سلمة 23 - سلمان فارسى 24 - مقداد بن الاسود 25 - ابوذر غفارى 26 - عمار بن ياسر 27 - حذيفة بن يمان 28 - خزيمة بنثابت 29 - ابوايوب انصارى 30 - ابوهيثم مالك بن تيهان 31 - ابى بن كعب 32 - سعد بن عبادة بن الخزرجى 33 - قيس بن سعد بن عبادة 34 - سعد بن سعد بن عبادة 35 - ابو قتاده انصارى 36 - عدى بن حاتم بن عبدالله 37 - عبادة بن صامت بن قيس 38 - بلال بن رباح حبشى - مؤذن پيامبر خدا 39 - ابو الحمراء 40 - ابو رافع 41 - هاشم بن عتبه بن ابىوقاص 42 - عثمان بن حنيف بن واهب 43 - سهل بن حنيف بن واهب 44 - حكيم بن جبلة العبدى 45 - خالد بن سعيد بن عاص 46 - وليد بن جابر بن ظليم طائى 47 - سعد بن مالك بن سنان 48 - البرا بن مالك انصارى 49 - ابن الحصب اسلمى 50 - كعب بن عمرو انصارى 51 - رفاعة بن رافع انصارى 52 - مالك بن ربيعة بن الوليد ساعدى 53 - عقبه بن عمرو بن ثعلبه انصارى 54 - هند بن ابى هاله تميمى 55 - جعدة بن عبيرة بن ابى وهب 56 - ابو عمره انصارى نجارى 57 - مسعود بن اوس بن احزم بن زيد 58 - نضلة بن عبيد بن الحرث 59 - مرداس بن مالك 60 - مسور بن شداد فهرى 61 - عبد الله بن بديل خزاعى 62 - حجر بن عدى الكندى 63 - عمرو بن حمق خزاعى 64 - اسامة بن زيد بن حارثه كلبى 65 - ابو ليلى انصارى 66 - زيد بن ارقم انصارى 67 - البراء بن عارب اوسى
اسامى فوق اولين گروه از طبقات شيعه هستند كه در حوزه درس پيامبر خدا و وصى او حاضر شده و بهرهها بردهاند كسانى كه قرآن و عترت را با هم جمع نموده و در دوران آشفتگى سياسى، مبانى عقيدتى خويش را از دست ندادهاند. بلكه در جهت نشر آن اهتمام ورزيدهاند
اسامى فوق اولين گروه از طبقات شيعه هستند كه در حوز درس پيامبر خدا و وصى او حاضر شده و بهره بردهاند كسانى كه قرآن و عترت را با هم جمع نموده و در دوران آشفتگى سياسى، مبانى عقيدتى خويش را از دست ندادهاند بلكه در جهت نشر آن اهتمام ورزيدهاند.
اين دوره 29 راوى از شاگردان مكتب صديقه طاهره را نيز در خود جاى دادهاست كه از آن حضرت حديث نقل نمودهاند.
اين دوره بيستساله از خلافت و امامتحضرت امام حسن مجتبى(ع) و قسمت عمده امامت امام حسين(ع) است با شهادت حضرت على(ع) خلافت از پايگاه عالى تربيت و خاندان رسالت به دست كسانى چون معاويه افتاد. حيلههاى عمروعاص و اموال معاويه مردم را فريفت و از حق دور نمود. رسالت امام حسن و امام حسين(ع) در دوران حكومت معاويه شناساندن خيانتها و نماياندن مكرهاى دشمن حق و عدالت بود. تنها با تدبير و حكمت مىشد در مقابل سالوس جهل و جعل حديث ايستاد. چه معاويه پيش از آنكه تهاجم نظامى نمايد، تهاجم فرهنگى مىكرد و با تشبث به مقدسات براى كوبيدن مقدسات اقدام كرده بود.
البته نبايد از خاطر برد كه حضرت امام حسن(ع) بسان پدر بزرگوارش ضد معاويه به قيام برخاست، ليكن با سست عنصران و پراكندگانى روبهرو گشت كه ياور حقيقى وى در جنگ با معاويه نبودند.
حضرت امام حسين عليه السلام نيز بسان برادرش با جهاد فرهنگى مفاهيم اساسى اسلام را با سخنان خويش روشن ساخت و اصطلاحات اسلامى كه از سوى امويان تحريف گشته بود احيا نمود و به تربيتشاگردان پرداخت تا مفاهيم اصيل قرآنى را در اقصى نقاط جهان منتشر نمايند جمع راويان آن حضرت 99 تن مىباشند كه شمارى از احاديث در زمينه اصول اعتقادى و فروع احكام را از امام سوم شيعيان نقل نمودهاند از جمله مباحث اين عصر بحث قضا و قدر و مساله جبر است كه امويان در توسعه اين بينش تلاشهاى فراوانى مىنمودند.چنانچه اين مباحث از مسايل روز حوزههاى درسى گرديدهبود.
در اين دوره كه امامتحضرت امام حسين عليه السلام ادامه دارد مصادف با خلافتيزيد بن معاويه است. در اين دوره شروطى كه بين امام حسن(ع) و معاويه نهاده شده بود كنار گذاشته شد و مردم به تباهى حكومتيزيد پىبردند او كه بيعت امام يا كشته شدن وى را از والى مدينه درخواست نموده بود با قيام حسينى روبهرو گرديد. بيانات امام سجاد(ع) پس از اين نهضت در تبيين فلسفه شهادت به چيرگى فرهنگ عقل و دانش منجر شد و قيامهايى را فراهم آورد.
اين دوره، روزگار امامت امام چهارم حضرت على بن الحسين(ع) است.امامت ايشان از روزى آغاز شد كه امام حسين(ع) در كربلا به شهادت رسيد و ايشان به دستسپاه اموى به اسيرى برده شدند. امام سجاد(ع) چه در دوران اسارت و چه بعد از آن تفسير نهضتحسينى را عهدهدار شد و فلسفه سياسى اسلام را در مورد رهبرى اسلامى و مدينه قرآنى روشن ساخت. «صحيفه سجاديه»كه به زبور آل محمد(ص)شهرت يافته طرح كلى مدينه فاضله اسلامى در قالب دعا است.
وى 173 راوى حديث دارد كه از شاگردان مكتب او به حساب مىآيند و در اين ميان دو فرزند بزرگ به جهان اسلام عرضه داشته كه در علم و فقاهت و جهاد و شهادت اسوه شيعيان گرديدند.
زيد بن على بن الحسين(ع) كه به «حليف قرآن» (هم پيمان قرآن) شهرت يافته بود به قيام خونين دست زد تا در طلب خون جدش برآيد و امر به معروف و نهى از منكر نمايد و امام محمد باقر(ع) كه بزرگ مرزبان فرهنگى شيعه در عصر اموى گرديد هر دو از فرزندان تربيتيافتگان مكتب امام سجاد بودند همچنين امام سجاد(ع) به پيروى از پيامبر اكرم(ص) در نشر پيام عاشورا از شاعران متعهد و متدين بهره جست و آنان را با پاداشهاى دنيوى و اخروى مورد تمجيد قرار داد.
در اين دوره حوزه علميه مدينه از رهبرى و تربيت دو امام حضرت محمد باقر(ع) و حضرت امام جعفر صادق(ع) بهره برد. در عصر صادقين(عليهما السلام) به موجب اوضاع مساعد اجتماعى زمينه طرح و گسترش علوم اهل بيت(ع) فراهم گشت و هزاران دانش پژوه فقه و اصول و تفسير و عقايد و... در حوزه آن دو پيشواى رستگارى و علم حاضر شدند و علوم اهل بيت(ع) را در سرزمينهاى اسلامى و غير اسلامى منتشر ساختند.
زمان امامتحضرت امام باقر(ع) (از سال 95 تا 114 هجرى)عصرى بود كه دعاهاى امام سجاد(ع) به بار نشست و امت را از حماسه عاشورا و رهبرى در مدينه فاضله اسلامى آگاهانيد و خاندان اموى دوران سقوط را پشتسر نهادند و امت اسلامى كه با كلام پيامآور عاشورا از نهضتسرخ حسينى درس ديندارى و عشق و ايثار آموختند بى محابا بر حوزه مدنيه وارد گرديدند تا از علوم اهل البيت بهره برند رژيمهاى سياسى به موجب اختلافات داخلى ناتوان از مقابله با اين حركت دينى و نهضت علمى شدند لذا امام باقر(ع) فرصت را غنيمتشمره دست به انقلاب عظيم فرهنگى زد تا امت را با دين خدا و كتاب آسمانى و مدينه فاضله قرآنى آشنا سازد و از اين رو به لقب «باقر» شهرت يافت.
از ديگر فعاليتهاى فرهنگى امام باقر (ع) مقابله با جعل حديث و تهاجم فرهنگى عصر خويش بود كه از سوى يهوديان در جامعه اسلامى پراكنده شده بود اين احاديث كه به اسرائيليات مشهور است بيشتر در مورد تفسير پيامبران سلف و برترى دادن بيت المقدس بر كعبه بود.
پس از امام محمد باقر(ع) امامت و رهبرى امت به امام صادق(ع) رسيد آن حضرت نيز بسان پدر در ترويج علوم اهل بيت كوشيد و تشنگان دانش را از علم الهى سيراب ساخت. از جمله دگرگونىهايى كه در عصر امامت ايشان روى داد تبعيد آن بزرگ مرد علم و ايمان و اسوه نيك سيرتان وملكوتيان به عراق بود خلفاى عباسى تحمل نظاره توان نهضت فرهنگى حوزه امام صادق(ع) را نداشتند لذا با تبعيد وى به عراق خواستند بزرگ حوزه علميه شيعه و دانشگاه فقه جعفرى در مدينه را به تعطيلى كشانند ليك تبعيد پيشواى مصلحان باران رحمتى شد تا سرزمين عراق ديگر بار سنگينى قدمهاى خليفه خدا در روى زمين را بر خود حس كند و غرور ايام اميرالمومنين(ع) را در خاطرهاش تجديد نمايد شاگردان بسيارى در مسجد كوفه مركز خلافت و امامتحضرت علىبنابىطالب(ع) برگرد وجود فرزندش امام صادق(ع) جمع آمدند تا علوم اهل بيت(ع) از فقه و حديث و تفسير و .... را آموخته در جهان بگسترانند.
حسن بن على الوشاء مىگفت در مسجد كوفه نهصد نفر را ديده كه «حدثنى جعفر بن محمد» مىگفتند.
كسانى كه از حوزه درس ايشان در مدينه و كوفه بهره بردند حدود چهار هزار نفر بوده كه شيخ طوسى 3222 تن از ايشان را در كتاب خويش نام بردهاست
حضور امام صادق در دو حوزه شيعه مدينه و كوفه موجب گشت تا برخى از رجال اهل سنت نيز چون«مالك بن انس» (در حجاز) و «ابو حنيفه» (در كوفه) از علوم وى بهرهبرند.
با روى كار آمدن منصور عصر اختناق ديگر بار روى نمود و با به شهادت رسيدن امام صادق(ع) بر شدت آن افزوده گشت. ده سال پس از شهادت امام صادق(ع) خليفه عباسى منصور دوانيقى در سال 158 قمرى درگذشت و موسى بن مهدى عباسى ملقب به هادى تا سال 170 هجرى و بعد از وى هارون الرشيد تا سال 193 خلافت نمود.
بدين ترتيب عصر امامتحضرت امام موسى كاظم(ع) مقارن با خلافتسه تن از خلفاى عباسى است.
كارهاى فرهنگى در عصر صادقين(ع) با شيوههاى مطلوب پيش رفته است از اين رو امام كاظم(ع) در امتداد حركت فرهنگى امام باقر و امام صادق(ع) رهبرى علويان و شيعيان را در عصر خلافت عباسى به سوى نهضتى از نوع قيام حسينى سوق داد و به تقويت نيروها پرداخت و زمينه ساز حركتهاى انقلابى براى از ميان برداشتن دستگاه عباسى شد چنانكه نوشتهاند هارون درباره آن حضرت مى گفت «مىترسم فتنهاى برپا كند كه خونها ريخته شود.»
حوزه دانش اندوزى مدينه منوره در عصر امامت پس از امام كاظم (ع) به رهبرى امام على بن موسىالرضا(ع) اداره مىشد كه در طى بيستسال امامتخويش به حضور در دو حوزه مهم شيعه مدينه و خراسان فرهنگ سياسى جامعه را سامان داده به مبارزات فرهنگى اعتقادى تحرك بخشيد.
پيش از اين دوره امت اسلامى در حوزه درس امام صادق(ع) با مبانى نظرى شيعه و فلسفه سياسى الهى آن آشنا گشته و در مكتب امام هفتم سطوح عملى آن را از امام معصوم(ع) فرا گرفته است. لذا عصر رضوى عصرى است كه مردم بيش از پيش به پيشوايان شيعه روى نمودهاند بنىعباس براى از بين بردن اين تمايل دست به حركات سياسى و تهاجمات فرهنگى زد تا مساله لزوم رهبر عادل معصوم را از اذهان مردم دور نمايند.
اين دوره به سه تن از امامان شيعه اختصاص دارد از نظر مشى فرهنگى و سياسى،شيوهاى واحد داشتهاند و آن به سبب موضع واحدى بود كه خلافت عباسى در برابر آنان پيش گرفته بود.
با شهادت امام رضا(ع) در خراسان (مشهد الرضا«ع») چشمهاى ديگر باز به سوى مدينه شد خانه امام رضا(ع) كه در آن فرزندش امام محمد تقى(ع)ساكن بود و پيشتر خانه امام صادق(ع) بوده است منزلى كه درش همواره به سوى شيعه باز بوده و تشنگان معرفت را سيراب نموده است امامت امام جواد(ع) با سؤالات فقهى كه از ايشان به عمل آمد بر همگان مشخص گشت و شيعه وى را پيشواى خويش بعد از امام رضا(ع) شناخت همان گونه كه بر امامت وى نصوص نيز وارد شده بود.
با توجه به اين نكته كه ارتباط با امامان شيعه از عصر امام رضا(ع) توام با مشكلات عديدهاى بوده است و شيعيان سؤالات خود را از طريق نامه مطرح مىنمودند امام جواد(ع) نسبت به بعضى ديگر از امامان از راويان حديث بيشترى برخوردار ستحضرت عبد العظيم حسنى يكى از راويان حديث امام جواد و ناشران علوم اهل بيت در حوزه رى است.
امام على النقى(ع) نيز بعد از پدر بزرگوارش به مرحلهاى از حركت فرهنگى توفيق يافت كه امام جماعتحرمين شريفين به متوكل عباسى نوشت:« اگر تو را به حرمين (مكه و مدينه)نيازى هست «على بن محمد» را از اين دو شهر بيرون كن زيرا او مردم را به سوى خود فرا خوانده است و گروه زيادى دعوتش را پذيرفتهاند»
شيخ طوسى 185 تن از شاگردان امام هادى(ع) را ذكر كرده است كه از مكتب آن بزرگ بهره بردهاند.و استاد سيد محمد كاظم قزوينى شمار راويان حديث امام على النقى(ع) رابه 346 تن رساندهاست.
لازم استياد آورى شود كه امام حسن عسگرى(ع) در دوران امامتخويش در سامرا بودند و حضرت ولى عصر - عجل الله تعالى فرجه الشريف - در ديار غربت متولد شدند شهر مدينه خالى از امام ماند و دانشگاه شيعه كه از عصر رسالت پيش از هجرت كار خود را در اين شهر آغاز كردهبود به تعطيلى كشيدهشد.
دوره يازدهم حوزه علميه پر بركت مدينه از عصر امامت تا غيبت كبرى به طول انجاميده است و در عصر غيبت نيز تا قبل از پيروزى انقلاب اسلامى ايران ادامه داشته است اين دوران بسيار طولانى با تبعيد امامان بزرگ شيعه و زندانى و تحت نظر گرفتن آنها همراه بوده است و گرايش به اهلبيت(عليهم السلام)جرمى نابخشودنى تلقى مىشد و خشونت و كشتار كه گاهى صورت قتل عام پيدا مىكرد، تاوانى بود كه شيعيان اين سرزمين مقدس در مقابل پيروى از اهل بيت پيامبر(ص) مىپرداختند. ليكن همواره در حدود ثلث جمعيت مردم حجاز را شيعيان تشكيل داده كه با تحمل سختى هاى روزگار به حيات خود ادامه دادهاند.
حرمين شريفين همواره مورد توجه دانشمندان شيعه و عاشقان حضرت ختمى مرتبت(ص) بوده است و با وجود اختناقى كه از سوى رژيمهاى سياسى اعمال گرديده عالمان شيعى به عنوان پاسدارى از حريم ولايت در آنجا سكونت اختيار كردهاند يا سالى چند را براى ارشاد و تبليغ و همدردى و همراهى با شيعيان حجاز در آن سرزمين مقدس بسر بردهاند.
همواره از عهد اموى تاكنون سعى بر آن بوده است تا با تهمتهاى ناروا تعصبات جاهلى شيعه را از جامعه حجاز و شهر پيامبر خدا(ص) بيرون رانند ليك نه تهمت آتش سوزى سال 654 مسجد النبى (ص) و نه دستاويزى كه به سال 1088 قمرى در مكه براى كشتن علماى شيعه قرار دادند هيچ كدام در اخراج شيعيان موثر نيفتاد.
مسجد النبى با هجرت رسول اكرم(ص) به مدينه در سال اول بنيان گرديد كه آن را بايد نخستين مركز فرهنگى و تعليم و تربيت در تاريخ اسلام دانست و اولين معلم زعيم اين حوزه شخص شخيص محمد مصطفى پيامبر گرامى(ص) بود زيرا رسول الله(ص) با ادامه وحى در مدينه به ايشان و نزول يك سوره يا يك آيه يا قسمتى از سوره آن را براى خاص و عام مسلمانان در همين مسجد تلاوت مىفرمود و به شرح و بيان آيات و تفسير و تاويل آنها مىپرداخت و عدهاى با سواد كه كتاب وحى ناميده مىشدند آنها را به هر صورت و به زحمت مىنوشتند حضرت رسول اكرم مسلمانان را به سواد آموزى و تهيه وسائل آن و حفظ و قرائت آيات قرآن و آموختن ياد گرفتهها را به ديگران تشويق مىنمود بدين ترتيب حوزه مدينه با تعلميات معالم قرآن به وسيله اولين معلم اين مدرسه آغاز شد و تا حيات رسول گرامى و تربيت صحابه به وسيله ايشان ادامه داشتشاگرد اول اين مكتب و رهرو اين صراط مستقيم پسر عموى گرامى و داماد پيغمبر خدا حضرت على ابن ابىطالب بود كه شيخ مفيد به سند خود تا امام محمد باقر(ع) از ام سلمه نقل مىكند كه گفت از رسول الله(ص) شنيدم كه فرمود «على و شيعته هم الفائزون» (على و پيروانش رستگارانند). پس از رحلتحضرت رسول كه جامعه اسلامى به دو شاخه امامت و خلافت انشعاب يافت اغلب حواريين خاص پيامبر(ص) مانند عمار ياسر و عبدالله بن مسعود و ابوذر غفارى و جابر انصارى و عبدالله بن عباس و امثال آنها شاخه خلافت را نپذيرفته و مطابق نص وصيت و احاديث غدير منزلت و ثقلين و غيره به مكتب امامت پيوستند حضرت على بن ابى طالب و ياران با وفايش مانند سابق روزگار حيات رسول الله (ص) همچنان به تعليم قرآن و نشر احكام دين و تفسير آيات الهى و تدريس و تربيت مسلمانان پرداختند و زمان چندانى نگذشته بود كه مسجد النبى حوزه بزرگى از علوم دينى و قرآنى به وسيله حضرت على(ع) و پيروانش گرديد.
يكى از فعالان حوزه امامت در مدينه كه هر چه در توان داشت براى افشاگرى اقدامات و انحرافات خلافت از راه مستقيم رسول اكرم(ص) مىكوشيد دختر گرامى ايشان فاطمه زهرا سيدة النساء العالمين بود كه پنهان و آشكار به مهاجرين و انصار مراجعه مىكرد و حقايق قضايا را به آنها تفهيم مىنمود فعالتحوزه علمى مدينه به سرپرستى حضرت امير و حسنين(ع) در تعليم و تربيت اصحاب و پيروان و هدايت مسلمانان همچنان ادامه داشت.
پس از شهادت حضرت امير(ع) و مراجعتحسنين(ع) به مدينه حوزه مدينه مسجد النبى فعاليت و شور جديدى يافته و آنان كرسى تدريس حديث و احكام دين را در مسجد خودشان به خود اختصاص دادند شيخ طوسى اصحاب حضرت امام حسن مجتبى را تا چهل و يك نفر به شمار آورده است و اصحاب حضرت سيد الشهدا ابو عبد الله الحسين(ع) را كه بعضى از آنها در كربلا به شهادت رسيدند تا يك هزار نفر نوشتهاند و پس از مراجعتحضرت على بن الحسين امام زين العابدين(ع) از واقعه طف به مدينه(61ق.) طالبان علم و عشاق فضيلت به دور ايشان حلقه زده و از فضائل علمى و اخلاقى و تعليمات عاليه ايشان بهرهها بردند و اصحاب ايشان را تا 173 نفر ذكر كردهاند پس از ايشان (95ق) كرسى تدريس را در حوزه مدينه به دست گرفتند.
پس از شهادت امام باقر(ع) و رهبرى علمى ابو عبد الله جعفر الصادق امام ششم شيعيان(ع) حوزه مدينه يكى از بزرگترين مدارس علمى اسلامى و هم طراز مدارس بزرگ جهان گرديد ايندوره كه با ضغف بنى اميه و سقوط آنان و شروع خلافت غاصبانه بنىالعباس مصادف بود حضرت امام جعفر الصادق(ع) با اغتنام از فرصتحداكثر كوشش را براى بسط احكام الى و علوم قرآنى و نشر علم و حكمت و تربيتشاگردان بسيارى كه از قوميتهاى مختلف بدين حوزه روى آوردند انجام مىداد طبرسى در اعلام الورى حوزه تعليم امام را محل بحث و فحص انواع علوم و فنون حكم نوشته و اصحاب حديث و شاگردان امام را چهار هزار نفر ذكر كردهاست و گفتهاند كه غالب مؤسسين شاخههاى حنبلى و شافعى و مالكى و حنفى از شاگردان مكتب امام بودهاند و شهرت مذهب و فقه و علوم مختلف اماميه به مذاهب جعفرى و فقه جعفرى و غيره نتيجه تتبع و تفحص و ابتكارات فوق العاده آن امام همام مىباشد.
پس از شهادت حضرت امام جعفر صادق(ع) فرزند بزرگوارش ابوالحسن موسى بن جعفر الكاظم ملقب به باب الحوائج رهبرى مكتب امامت را به دست گرفته و عده زيادى از اصحاب به امامت ايشان گرويدند.
نقل حديث و تدريس علوم اسلامى و نشر مكتب اهل بيت(ع) توسط حضرتش در مسجد النبى و منزل ايشان برقرار بود تا اين كه امام(ع) به دستور خليفه هارون الرشيد به بغداد منتقل و در زندان سندى بن شاهك شهيد گرديد(183ق.)
پس از شهادت حضرت امام موسى كاظم(ع) فرزند برومندشان امام ابوالحسن على بن موسى الرضا(ع) به قيادت اصحاب و پيروان امامت پرداخت و كرسى تدريس علوم اسلامى و نقل حديث و رهبرى حوزه مدينه را چه در مسجد النبى و چه در منزل خويش به خود اختصاص داد كه تا فوت هارون همچنان با احتياط و آهستگى عمل مىشد ولى پس از آن به علت اختلاف و جنگ فرزندان هارون(امين و مامون) و پيروزى مامون و گرايش به جانب علويان از سياستسختگيرى عباسيان كاسته شده و رونق حوزه مدينه و فعاليت علمى آن افزون گرديد ولى با انتقال حضرت امام على بن موسى(ع) به خراسان و تحميل ولايت عهدى از طرف مامون به آن حضرت با لقب (الرضى من آل محمد) حوزه مدينه وضع سابق را از دست داده و آن حوزه به تدريج تا عصر غيبت كبرى(329ق.)به بعضى از شهرهاى عراق و ايران منتقل گرديد.
در طول اين دوران مقدس كه پرچم حوزههاى علمى علوم اسلامى شهر مدينه به دست ائمه بزرگوار شيعه همچنان بر افراشته بود، آثار علمى بسيارى از بزرگان و دانشمندان حوزه مدينه به جاى ماندهاست كه هر كدام از اين آثار با ارزش در واقع چراغهاى هدايت و ابزار نجات بشر به سوى مسير حق و حقيقت بوده و هستند.
بخش مهمى از اين آثار به عصر ائمه طاهرين عليهم السلام مربوط مىشود كه مهمترين آنها را به اختصار ذكر مىكنيم: 1 - مصحف حضرت فاطمه سلام الله عليها كه اين كتاب از ودايع امامت است كه نزد ائمه معصومين عليهم السلام بوده است از نظر حجم سه برابر قرآن بوده و حاوى مطالب مهم و زيادى بوده تا حدى كه حضرت امام صادق(ع) مىفرمايد مطالب اين كتاب مردم را به ما محتاج و ما را از مردم بىنياز مىكند.
در اين كتاب احكام شرعيه به تفصيل بيان گرديده و احكام مجازاتهاى اسلامى و حوادث مهم روزگار و جهان آفرينش و اسامى پادشاهان و حكام آينده و مطالب با اهمت ديگرى ذكر شدهاست.
2 - جمع آورى و نگارش قرآن كه توسط اميرالمومنين على عليه السلام انجام گرفت اين امر از خدمات مهم و ارزشمند آن حضرت نسبت به قرآن كريم و مسلمانان به حساب مىآيد.
3 - تفسير اميرالمومنين على(ع) كه نخستين اثر در تفسير قرآن كريم و حاوى شصت نوع از انواع علوم قرآنى است.
4 - نهج البلاغه كه شامل خطبهها نامهها و حكمتهاى پند آميز على عليه السلام است كه به واسطه شريف رضى جمع آورى گرديده است اين كتاب قطراتى از درياى دانش اميرالمؤمنين بودهاست كه از افتخارات و نشانههاى حوزه علميه مدينه است به نحوى كه اگر ما هيچ نشانهاى از حوزه علميه آن دوره نداشتيم جز نهجالبلاغه و علومى كه در ضمن خطبهها و نامهها و پندهاى حكمتآميز اين كتاب عظيم الشان بيان شده است همين مقدار كافى بود كه پرده جهل و تاريكى را از صورت جهان علمى امروز برداريم.
5 - صحيفه سجاديه كه به انجيل اهل بيت و يا زبور آل محمد معروف است و حاوى دعاها و مناجاتهاى امام سجاد عليه السلام است در صحيفه سجاديه يك جهان بينى توحيدى عرضه شده است كه جهان را از نظر مبدا و منتهى و نيز چگونگى تدبير و اداره امور مورد بررسى قرار داده و نظم و حساب بر آن را معرفى نمودهاست. مباحث گوناگون خداشناسى نبوت امامت و معاد معارف و حقايقى است كه در قالب دعا در اين كتاب عرضه شدهاست اين كتاب و مضامين آن در واقع روش ابداعى امام سجاد عليه السلام براى نشر و تعليم حقايق دينى و فرهنگ غنى شيعه در جو خفقان و استبدادى و سياه اموى است.
6 - رساله الحقوق امام سجاد عليه السلام حقوق مختلف خدا بر انسان را تشريح مىكند و از اين طريق مطالب شگفت آفرين و حياتى را در اختيار جامعه اسلامى و انسانى مىگذارد در اين رساله مفصل حقوق خدا بر انسان حقوق انسان بر خودش حقوق اعضا و جوارح انسان مثل گوش - چشم - زبان - پا -دست - شكم - و آلت تناسلى - نيز حقوق افعال انسان مثل نماز، روزه، صدقه، قربانى، و نيز حقوق انسانهايى كه در زمينه سياست، علم، تملك، پيشوايى و ... حق تقدم دارند و نيز حقوق زيردستان و همچنين حقوق پدر و مادر، فرزند و برادر، نيكى كنندگان،مؤذن، امام جماعت ، همنشين ، شريك، طلبكار، معاشر، دوست، دشمن، طرف مشورت و نصيحت، بزرگتر، كوچكتر، سائل مسؤول و حق عموم ملت و كفار ذمى و .... بيان شده است كه همه اينها ذخيرهاى براى پژوهشگران بحثهاى اخلاق و حقوق و سرمشقى براى سيركنندگان در راه تكامل انسانى و سند افتخارى براى شيعه در برابر ديگران است.
7 - تفسير منسوب به امام باقر عليه السلام
8 - تفسير منسوب به امام صادق عليه السلام
9 - رسالههاى مختلف منسوب به امام صادق عليه السلام كه موارد زير از آنجمله است: الف - رساله معروف به رساله عبد الله بن نجاشى ب - رساله منقول از اعمش كه در خصال صدوق نقل شدهاست ج - رسالهاى به اصحاب راى و قياس د - رسالهاى در غنائم و وجوب خمس كه در تحفالعقول آمدهاست. ه - مجموعه رسائل امام در محبت اهل بيت و توحيد ايمان و كفر فسق و عبادات و معاصى و - رساله آن حضرت در علوم توحيد كه توسط جابر بن حيان روايتشدهاست ز - وصاياى آن حضرت به عبد الله بن جندب و به ابى جعفر محمد بن نعمان ح - كتاب نثر الدرر.
10 - رسالهاى از امام كاظم عليه السلام درباره عقل و فضيلت و آثار و بركات آن
11 - وصاياى امام كاظم عليه السلام به هشام بن حكم كه در تحفالعقول روايتشده است.
12 - رسالة الذهبيه از امام رضا عليه السلام كه در علم طب نوشته شده و به طب الرضا معروف است در اين رساله بخشهاى گوناگون دانش طب مثل تشريح وظايف اعضا، شناخت امراض، پيشگيرى از بيمارىها، غذاشناسى، و ... مطرح گرديدهاست
امام اين كتاب را در پاسخ مامون وعدهاى از اهل علم طب و فلسفه كه ادعاى تخصص در اين رشته را مىكردند نگاشته است مطالب آن به قدرى مامون را شگفتزده كرد كه دستور داد تا آنرا با آب طلا بنويسند و در خزانة الحكمة به عنوان ذخيره بزرگ علمى قرار دهندشرحهاى زيادى بر اين كتاب نوشته شدهاست كه خود دليل توجه دانشمندان دورههاى مختلف تاريخ به اين اثر ارزشمند است.
13 - صحيفه الرضا كتابى است در فقه كه به نامهاى مستند الرضا فقه الرضا صحيفه اهل البيت و يا رضويات هم شناخته مىشود.
14 - مناظرههاى علمى امام جواد عليه السلام با دانشمندان مخالف از جمله يحيى بن اكثم كه در كتب تاريخى و روايى بتشدهاست. و همينطور ديگر مباحث علمى ايشان و جلسات پرسش و پاسخى كه براى گروههاى علمى مختلفى توسط ايشان برقرار مىشد.
15 - رساله جبر و تفويض امام هادى عليه السلام كه به طور مفصل در رد اهل جبر و تفويض و در تفسير نظريه شيعه نگاشته شدهاست
16 - زيارت جامعه كبيره امام هادى عليه السلام كه در واقع كتاب امام شناسى و وسيله تقرب و ابزار پرواز به سوى عالم معنى است اين زيارت يكى از ذخائر ارزشمند و يكى از سرمايههاى گرانقدر در فرهنگ تشيع مىباشد علامه مجلسى آنرا بهترين زيارت از جهت متن و سند و فصاحت و بلاغت دانستهاست.
17 - تفسير منسوب به امام حسن عسكرى عليه السلام كه حضرت مطالب آنرا در مدت هفتسال به تدريج به دو نفر از شيعيان علاقهمند و دوستدار علم تعليم نمودند
18 - رساله المنقبه منسوب به امام حسن عسكرى عليه السلام كه به شرح و تفصيل مباحث مربوط به حلال و حرام مىپردازد.
علاوه بر اينها حوزه علميه مدينه در عصر امامت و دانشمندان آن پيشگام در تدوين نخستين علوم قرآنى و اسلامى و فقهى و كلامى و غير آن بودهاست.
بيشتر اين آثار به دست اساتيد و شاگردان اين حوزه در سايه راهنمايىهاى على عليه السلام تنظيم شده است، چنانچه نخستين تفسير قرآنى و اولين اثر فقهى، و اولين اثر نحوى و نخستين رساله مسائل حلال و حرام و غير از اينها به واسطه خود آنها و يا اصحاب آنان مثل ابورافع صحابى، ابوالاسود دئلى و هشام بن حكم تاليف گرديدهاست.